管理基準は、野積み・素掘りをはじめとする家畜排せつ物の不適切な管理を改善するために、畜産業を営む者が遵守すべき必要最小限の基準を定めたものです。
　管理基準の具体的な内容は、大きく分けて施設面と管理面の基準からできています。

施設面の基準
　家畜排せつ物を処理したり保管したりする施設（以下「管理施設」といいます。）の構造設備に関する基準です。

（1）固形状の家畜排せつ物の管理施設については、床を不浸透性材料（コンクリート等汚水が浸透しないものをいいます。以下同じ。）で築造し、適当な覆い及び側壁を設けること。

ふんやふんと尿を敷料等で吸着させ固形状になったものを管理するための施設としては、たい肥舎や乾燥施設が一般的ですが、この基準は、このような施設から汚水が飛散したり、流出したりすることがないように、床をコンクリート張りとしたり、防水シートを敷いたりする必要があることを示したものです。なお、必ずしも屋根をつけることを義務付けるものではなく、例えば、防水シートを下に敷き、上から防水シートで覆うなどの簡易な方法でも結構です。

（2）液状の家畜排せつ物の管理施設については、不浸透性材料で築造した貯留槽とすること。

尿やスラリーといった液状の家畜排せつ物を管理するための施設としては尿溜、スラリータンク等が一般的ですが、この基準は、このような施設について、（1）と同様の趣旨から、コンクリートや防水シート、鋼板等で作り、汚水が地下浸透しないようにする必要があることを示したものです。

管理面の基準
　家畜排せつ物の管理の方法に関する基準です。

（1）　家畜排せつ物は管理施設において管理すること。

たい肥舎等が整備されても、これを利用しないで野積み等をしては意味がないために、たい肥舎等できちんと管理していただくことを定めたものです。

（2）　管理施設の定期的な点検を行うこと。
（3）　管理施設の床、覆い、側壁又は槽に破損があるときは、遅滞なく修繕を行うこと。
（4）　送風装置等を設置している場合は、当該装置の維持管理を適切に行うこと。

（2）〜（4）は、管理施設について、ひび割れがないかどうか，覆いが破れていないかどうか等について点検していただき、ひび割れ等が確認された場合に速やかに修繕していただくこと、また、送風装置（ブロアー）、攪拌装置等の装置について、注油、掃除等の維持管理を適切に行っていただき、排せつ物の処理に支障がないようにすることを定めたものです。

（5）　家畜排せつ物の年間の発生量、処理の方法及び処理の方法別の数量について記録すること。

飼養規模の拡大等が行われた場合でも、施設の容量不足等で不適正な管理になることがないように、家畜排せつ物の発生量等について確認していただくことを定めたものです。

　生ふんやたい肥舎を散布する前に草地や農地に放置している場合は、管理基準上問題になりますので、できる限り速やかに散布するか、たい肥舎に搬入するか、あるいは防水シートで上下を覆う等の対応をとっていただく必要があります。

1　この法律の制定に併せて、畜産業を営む者が新たに整備するたい肥化施設等について、次のような税制上の特別措置が講じられることとされました。

（1）所得税・法人税 （国税） 　畜産業を営む者が新たに整備するたい肥化施設等については、青色申告する場合、その取得額の16%の特別償却ができます。

※16年度税制改正において、18年3月31日の取得まで、措置の延長がなされる予定となっています。

（2） 固定資産税（地方税） 　畜産業を営む者が新たに整備するたい肥化施設等のうち、法の施行日（平成11年11月1日）から平成16年3月31日までに取得したものについて、取得後5年間課税標準が1/2に軽減されます。

※16年度税制改正において、18年3月31日の取得まで、措置の延長がなされる予定となっています。

2　具体的な手続は、次のとおりです。

（1）所得税・法人税（国税）
　1　前年の所得について、2月16日から3月15日までの間に税務署に申告します。
　2　この際、青色申告決済書に、今回の特別措置を受けようとするたい肥舎等に関する特別償却費を減価償却費として記入します。

※ただし、16年11月1日以降の施設取得に関しては、手続が変更となる予定です。

(2) 固定資産税（地方税）
　1　毎年1月2日から31日までに、償却資産について市町村に申告します。申告の内容は、償却資産の所在、種類、取得時期、取得価格等です。
　2　なお、固定資産税の特別措置を受けるためには、農林水産大臣の証明書を添付する必要があります。（記入例を参考にして下さい）。